Theo các nhà nghiên cứu, đạo Phật đã đến vùng núi Yên Tử từ rất sớm, có thể từ thời Lý hoặc trước thời Lý. Đến thời Trần, các vị đã lên Yên Tử tham thiền học đạo, tiêu biểu có Tuệ Trung Thượng sỹ, vua Trần Thái Tông, vua Trần Nhân Tông… và đến đời vua Trần Nhân Tông, ngài đã sáng lập ra thiền phái Trúc Lâm Yên Tử, lấy pháp hiệu là Giác Hoàng Điều Ngự Trúc Lâm Đại Đầu Đà. Ngài chọn ra hai đệ tử trong số các đệ tử của ngài là Huyền Quang và Pháp Loa làm hai đệ tử kế truyền y bát. Đời sau gọi ba vị là ba vị tổ sư đầu tiên của thiền phái Trúc Lâm Yên Tử.

Trần Nhân Tông đã lấy Yên Tử làm sơn môn của thiền phái, lấy chùa Vĩnh Nghiêm ở Lạng Giang (nay thuộc huyện Yên Dũng, tỉnh Bắc Giang) làm trụ sở trung tâm của thiền phái Trúc Lâm. Tại chùa Vĩnh Nghiêm, ba vị đã khai tràng thuyết pháp thống nhất giáo hội của nước, theo về thiền phái Trúc Lâm, độ cho hàng ngàn tăng ni, ấn định giáo phẩm, in, dịch kinh sách làm cho thiền phái Trúc Lâm phát triển mạnh mẽ. Trong thời này, nhiều chùa chiền được trùng tu, xây dựng trở thành những chốn tùng lâm, danh lam thắng cảnh, trong đó có các ngôi chùa trên các ngọn núi thuộc phía Đông và phía Tây dãy Yên Tử.

Chùa Am Vãi là một ngôi chùa trong số đó, tọa lạc ở núi Quan Âm thuộc xã Nam Dương, huyện Lục Ngạn. Núi Quan Âm đối diện với núi Phật Sơn, xã Lục Sơn (Lục Nam). Núi chùa Am Vãi được sách Đại Nam Nhất Thống chí chép: “Núi Am Ni ở xã Nam Điện, phía Nam huyện Lục Ngạn, mạch núi từ Phật Sơn, Thù Sơn kéo đến. Phía trái có giếng nước trong không bao giờ cạn, cạnh núi có hai cái bồn bằng đá. Trên núi có nền chùa cũ”. Chùa này sách Lục Nam địa chí ghi: “Tục truyền là nơi tu hành của công chúa nhà Trần”. Khảo sát cho thấy cả khu chùa bao gồm các điểm: Khu bàn cờ tiên với dấu chân Phật lớn; khu Hang Tiền, Hang Gạo; khu chùa Am Vãi.

Khu chùa Am Vãi ngày nay đã được tôn tạo khang trang, trong chùa bài trí hệ thống tượng Phật. Trước chùa có gác chuông treo quả chuông lớn đúc năm 2010. Bên trái sau chùa có các tháp đá cổ thời Trần. Trong một tháp có đặt bài vị, ghi khắc chữ Hán: “Trúc Lâm viên tịch ma ha bất thương Tỳ Khưu Như Liên thiền sư hóa thân Bồ Tát cẩn vị” (dịch là: Vị thiền sư là Ma ha bất thương Tỳ Khưu Như Liên hóa thân là Bồ Tát đã viên tịch về chốn Trúc Lâm). Rải rác trong khu chùa còn một số vật liệu của chùa cũ.

Chùa Am Vãi nằm cách xa khu dân cư và có độ cao 438m so với mực nước biển. Để lên được chùa, trước đây du khách có thể đi đường bộ hoặc đi đường sông. Nếu đi đường bộ, từ thị trấn Chũ - trung tâm huyện Lục Ngạn du khách xuống xe rồi theo đường mòn đầy đá, cỏ tranh xen lẫn cây bụi để lên núi từ xã Tân Mộc. Nếu theo đường thủy, du khách đi thuyền dọc theo nhánh của con sông Lục Nam đến bến Nam Dương và tiếp tục leo núi bằng lối mòn vào chùa. 

Hiện nay, địa phương đã mở một con đường mới từ thị trấn Chũ đến xã Nam Dương, ô tô có thể lên được đến sân chùa. Hai bên đường là các vạt rừng keo xanh ngắt khiến phong cảnh ở đây rất nên thơ. Từ trên đỉnh núi nơi ngôi chùa tọa lạc, du khách có thể ngắm cảnh núi non hùng vĩ của dãy Yên Tử và trải dài tầm mắt ra những đồi vải bạt ngàn lúp xúp như những mâm xôi bao quanh, những cánh đồng phì nhiêu màu mỡ được dòng sông Lục Nam bồi đắp.

Không gian nơi chùa Am Vãi tọa lạc khá hoang sơ, yên bình. Sau khi vãn cảnh, dâng hương lễ Phật, du khách sẽ được nghe sư trụ trì kể về huyền thoại hang Tiền, hang Gạo, nơi in dấu chân Phật, bàn cờ tiên, hay câu chuyện cảm động về núi Hàm Rồng, giếng Cần.

Huyền thoại truyền rằng: Chùa Am Vãi nguyên sơ là một am nhỏ, có một vị sư trụ trì. Ở đây có hang Tiền, hang Gạo do mái đá núi tạo thành. Mỗi ngày hai hang chỉ chảy ra đủ tiền, đủ gạo cho vị sư chi dùng. Một ngày, nhà sư có khách đến thăm và ở lại dùng bữa. Vị sư trụ trì bèn khơi cho tiền, gạo chảy ra đủ dùng cho hai người. Từ buổi đó trở đi hang Tiền và hang Gạo cũng ngừng chảy. Sau này nhà sư rời đi, chùa trở nên hoang vắng.

Theo PGS.TS.Chu Văn Tuấn và TS. Nguyễn Thị Quế Hương (Viện Nghiên cứu tôn giáo) nêu trong bài viết "Giá trị Phật giáo Trúc Lâm Yên Tử trong văn hóa vùng Tây Yên Tử" (tài liệu tại hội thảo Tổ chức Lễ hội Tây Yên Tử do UBND tỉnh Bắc Giang tổ chức tháng 12 năm 2016) thì chùa Am Vãi là một trong những ngôi chùa nằm trong hệ thống chùa tháp được xây dựng vào thời Lý-Trần. Đến thời nhà Lê, chùa Am Vãi vẫn tồn tại và còn được bảo tồn khá nguyên vẹn.

Sách Lục Nam địa chí viết về chùa Am Vãi: “Núi Am Ni ở phía Đông Bắc xã Nam Điện-cao hơn ngàn trượng, lên đỉnh núi nhìn được các đường núi ở bốn xung quanh thuộc Đông Triều và Lạng Giang. Có một giếng ở đỉnh núi, nước rất trong. Lại có chùa cổ, tương truyền là nơi công chúa nhà Trần xuất gia tu hành ở đó”.

Cho đến nay, không ai rõ hiện trạng chùa Am Vãi dưới thời Lý - Trần có quy mô, kiến trúc ra sao. Tuy vậy, chùa còn hai ngôi tháp tổ: Một ngôi đã đổ nát chỉ còn chân móng; một tháp có tên trên mái đá ghi “Liên Hoa bảo tháp”, bên trong còn bài vị đã bị phong hóa theo thời gian nhưng còn đọc được và nhờ đó các nhà nghiên cứu xác định được vị sư tu hành ở đây thuộc Thiền phái Trúc Lâm.

Đến thời kỳ nhà Lê thế kỷ XVII-XVIII, chùa Am Vãi được mở mang trên diện tích khoảng 2500 mét vuông. Dấu tích vật chất để lại ở chùa như các vật liệu xây dựng gạch, ngói, non sành, lọ… và các nguồn sử liệu cho biết, khi ấy chùa Am Vãi là một ngôi chùa lớn có một bố cục mặt bằng theo kiểu “Nội công ngoại quốc”, với nhiều hạng mục công trình như: Tiền đường, tam bảo, nhà tăng ni, hành lang, vườn tháp, giếng nước.

Các hạng mục của chùa đều được dựng bằng gỗ lim chắc chắn, chân cột được kê bằng tảng đá nhám. Hiện nay quanh khu vực chùa tuy không còn đủ các chân tảng kê cột song số chân tảng còn lại có kích thước khá lớn; các mảnh gốm, non sành, lọ, vò, gạch, ngói... Đặc biệt nay vẫn còn nền móng lộ rõ các viên gạch thời Lê Trung hưng. Những hiện vật này chứng minh sự trường tồn của di tích chùa Am Vãi liên tục suốt các thời kỳ. Hơn nữa đến thời Lê Trung hưng, chùa Am Vãi được phát triển, mở rộng bề thế.

Đáng tiếc là trải qua thời gian ngôi chùa cổ ấy đã bị đổ nát, nay chỉ còn nền móng đủ cả các tòa theo kiểu “nội công ngoại quốc”. Năm 1990, nhân dân địa phương đã hưng công góp sức tu tạo lại chùa trên nền chùa cũ. Năm 1998, chùa được tôn tạo theo kiểu chữ Đinh, với quy mô vừa phải gồm 3 gian tiền đường và 2 gian thượng điện. Kết cấu vì làm theo kiểu kèo kìm cánh báng, quá giang gác tường. Năm 2009, chùa Am Vãi được tu bổ, tôn tạo một lần nữa.

Hiện nay, chùa Am Vãi tọa lạc ở lưng chừng núi Am Vãi, dựa lưng vào ngọn núi có tên là núi Dang, nhìn về hướng Đông Nam. Dưới chân núi có dòng sông Lục Nam uốn lượn. Bên trái, bên phải chùa có khe nước nhỏ chảy quanh năm. Hai bên và phía sau chùa có nhiều cây cối xen lẫn các vàn cỏ tranh. Đến tham quan, du khách có thể thấy trên khu vực chùa vẫn còn lưu lại dấu vết kỳ lạ của tạo hóa giống như vết hai bàn chân tương truyền là dấu chân Phật xưa để lại trên hai tảng đá (một ở tảng đá ngay phía trước sân chùa, vết chân này có nhiều điểm giống bàn chân người; vết chân nữa trên đỉnh núi rất to, quá khổ so với bàn chân người bình thường).

Như vậy, chùa Am Vãi tuy mới được tu bổ, tôn tạo vào những năm gần đây song vẫn mang dáng dấp của một ngôi chùa cổ. Các hiện vật còn lưu giữ được có một số bằng chất liệu đá (tháp đá, chân đá kê cột, tảng đá in dấu chân Phật), điều đó  minh chứng sự tồn tại của chùa Am Vãi đã có từ lâu đời và được duy trì cho tới ngày nay.

Lễ hội chùa Am Vãi diễn ra vào mùa xuân, từ ngày 1 đến ngày 3 tháng 3 âm lịch hằng năm. Trong những ngày này, nhân dân địa phương làm cỗ chay lên núi vào chùa dâng Phật.

Những năm gần đây được sự quan tâm của Huyện ủy, UBND huyện Lục Ngạn và nhân dân xã Nam Dương, lễ hội chùa Am Vãi được tổ chức với quy mô lớn, thu hút đông đảo nhân dân trong vùng và các tín đồ, du khách khắp mọi miền đất nước về đây lễ Phật. Ngoài phần nghi lễ trang nghiêm, trong lễ hội chùa Am Vãi còn có các trò chơi dân gian mang đậm bản sắc của miền sơn cước Lục Ngạn như chơi đu, chọi gà.

Với giá trị về văn hóa phi vật thể độc đáo cùng giá trị văn hóa vật thể tạo nên những giá trị tiêu biểu riêng có của chùa Am Vãi, chùa được xếp hạng là Di tích lịch sử quốc gia theo Quyết định số 819/QĐ-BVHTTDL, ngày 9/3/2017 của Bộ trưởng Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch. 

Đến huyện Lục Ngạn hôm nay, ngoài tham quan các khu vườn vải thiều, cam, táo trĩu cành, thưởng thức quả ngọt mùa nào thức nấy, du khách nhớ đến vãn cảnh chùa Am Vãi dâng hương bái Phật, cảm nhận giây phút bình an, thư thái, thả tâm hồn phiêu lãng cùng mây trời; thật không uổng phí chuyến du ngoạn giữa thiên nhiên ngắm non thiêng trải dài hút tầm mắt vùng Tây Yên Tử.